根据教育部关于全面加强2012年研究生招生复试工作的通知要求，东南大学结合自身实际，多举措确保复试过程有序进行和录取结果公平公正。
重视复试工作，规范复试程序。复试前由主管校长主持召开硕士生招生院系负责人会议，认真部署复试录取工作。根据《东南大学硕士研究生复试录取工作办法》，各院系严格按照学校统一格式模板制订本院系复试工作细则，明确各专业复试线、复试形式和要求、复试成绩权重、拟录取原则以及复试阶段具体安排等内容，对资格审查、笔试、面试和体检等环节做出详细规定。复试细则和名单经学校研究生招生办公室严格审核后统一向考生公布，确保信息公开透明。
统一组织命题，加强过程监督。学校复试笔试科目由研究生院统一安排命题、审核、印制、分装和保管，在各院系笔试开始前半小时派专人送到考场。精心挑选责任心强的老师负责监考工作，确保考试过程公平公正。考试结束后按要求密封试卷，组织老师集中评卷，统一核分登分，确保复试成绩准确无误。组织5个巡视小组，分别对30个招生单位的复试情况进行巡查，确保面试程序规范，秩序良好。通过学校研招网等媒介加强诚信考试宣传，公布举报投诉电话和邮箱，接受考生及社会监督。对考生违纪作弊、弄虚作假等行为，一经查实，立刻取消复试资格，并上报上级主管部门。
注重素质考察，创新复试方式。改革复试分组方式，尝试将全院导师打散，重新组合成若干小组，每组里确保都有各二级学科导师，同时考生也随机分成若干小组，在复试前临时抽签决定导师组和考生组的配对情况，有效避免考生托人情找关系的情况发生。注重考生基本素质的考察，尤其是考生创新精神和研究能力的考察。加强英语听力、英语口语、专业英语等测试力度，组织专门的听力口语测试小组，对每个考生统一测试；在每个面试小组中专设一位负责测试考生听力口语的老师，要求考生当场朗读并翻译一段英文文献，再接受老师的英文提问。应用现代技术手段，创新专业课考核方式，建筑学院尝试将以往六小时快图设计（手绘）改为机考，让考生在同一机房的电脑上用统一的绘图软件进行命题设计，更为全面地考查考生能力。
